tutorial bioinformatika

7/25/2019 Tutorial Bioinformatika

1/36

TUTORIAL BIOINFORMATIKA 060615

(Octaviani, Sulfa, Lutf, Dita, Fitriana, urna!a"ari, ri!a"ari,

#u!ilan$, %artanti &015'

Untu !)n$)ta*ui l)ta !uta"i (+r$ra! Bi-.it'

Data nukleotida download di web pak wid BioinfoWorkshopContoh

Masuk ke program BioEdit

Pilih new alignmentsequence alignment le


2/36

File import pilih le

kan muncul hasil sbb


3/36

Di awal muncul !!!" diblok pilih mode edit tekan delete di ke#board


4/36

$asil accessor# application

Cari urutan basa #ang beda buka le graphic %iew one letter translation


5/36

&$asil #ang didapatkan ' mutasi pada urutan ke ()* #ang lain +adi , ada

satu #ang +adi $

Berarti mutasi pada tingkat basa nukleotida urutan ()* men#ebabkan

perubahan asam amino -

Untu !)n$)ta*ui urutan a"a! a!in t)rt)ntu t)r!a"u $)n a+a

a) nc/i BLAST


6/36

$asil di sa%e .rich format te/t le dibuka denga M0 Word keluar F01


7/36

kopi 23( baris dan diinput di blast

4lik B501


8/36

$asil berupa nama gen #ang mengkode asam amino 6 protein #ang telah diinput

tadi

Muncul homologi &berapa 7-

B-NTUK DIM-NSI ROT-IN (MOD-LLIN# ROT-IN'

A.a & cara, !)n$$unaan )/ "i""!.)l .an DB (+rt)in Data Ban'

4e http'66www.rcsb.org6pdb6home6home.doketik nama protein
http://www.rcsb.org/pdb/home/home.dohttp://www.rcsb.org/pdb/home/home.do


9/36

Pilih salah satu model

Download le dan buka le tersebut

Bentuk ( dimensi dari protein

B)ntu .i!)n"i +rt)in (%a"il !.ifa"i'

4e http'66www.swissmodel.e/pas#.org6
http://www.swissmodel.expasy.org/http://www.swissmodel.expasy.org/


10/36

Pilih start modelling

4e web ncbi lagi pilih protein


11/36

pilih F01

Blok 2 baris " dikopi ke web swiss model pilih build model


12/36

Proses loading

kan muncul hasil gambar ( dimensi dari web swissmodel

Pilih sa%e le pilih model buka &namale-.pdb untuk melihat struktur (

dimensin#a


13/36

kan muncul tampilan sebagai berikut

M)rancan$ !uta"i

4e web http'66www.cmbi.ru.nl6hope338 pilih input 338 masukkan sekuens D!

#ang akan dicek &dari F01 ncbi-

Pilih submit sequence
http://www.cmbi.ru.nl/hopehttp://www.cmbi.ru.nl/hope


14/36

Pilih posisi mutasi nmr berapa pilih targetn#a +adi protein apa conrm

tunggu informasi #ang akan diberikan oleh pro+ect hope &loading lama 39993-

Ml)cul) .cin$

2 software & makro makro $E:" makro mikro ;1


15/36

Pilih lagi untuk ligand &pilih reseptor dan ligand dengan nama #ang berbeda-

Pilih controldocking

;ntuk menampilkan ikatan hidrogen pilih controlsmoleculeshow $3bond

dismiss


16/36

4emudian" pilih control docking" ;bah semua range dan dimension &diganti =)"

liat capture an- klik acti%ate tunggu progress


17/36

Muncul informasi tentang energi dari ikatan 2 molekul dll


18/36

Download program ligplot Buka 5igplot >

&0elain 5igPlot>" untuk melihat struktur ( dimensi dapat digunakan program

disco%eries studio

Pilih le open pdble Pilih D?MP5


19/36

kan muncul hasil gambaran

&fungsi' untuk mengetahui ikatan #ang ter+adi antar asamamino apa sa+a-


20/36

M)ncari )"a!aan "trutur .)n$an 2at lain

Buka ncbipilih PubChem Compound pilih chemical structure search

Su/"tructur)3

Su+)r"tructur)


21/36

4lik 5aunch rancang struktur proteinn#a cop# struktur CCC n#a ang

diblok-


22/36

Pilih C?D" 0M?5E060M,10" ?nCh? klik search

kan muncul protein lain #ang memiliki struktur se+enis struktur #ang kita

rancang


23/36

Untu +r")" .cin$ !ar4!ir!l)ul ("!all !l)cul)'

4e web http'66www.swissdock.ch6docking 338 klik PDB.code muncul huruf kode

di kotak

4lik ligand selection dan isi bagian description start docking
http://www.swissdock.ch/dockinghttp://www.swissdock.ch/docking


24/36

$asil berupa gambaran ikatan ligand dan reseptor akan dikirim ke email #ang

kita input & butuh waktu lama-

;ntuk mengetahui hubungan 6pathwa# suatu mekanisme molekular

4e web http'66string3db.orgpilih multiple names
http://string-db.org/http://string-db.org/


25/36

Masukkan protein #ang diinginkan klik @oA


26/36

Centang apa sa+a #ang ingin dipilih

kan muncul hasil berupa protein #ang terlibat dalam berbagai pathwa#


27/36

http'66www.pantherdb.org6input protein #ang diinginkanklik submit
http://www.pantherdb.org/#http://www.pantherdb.org/#


28/36

Muncul hasil seperti di bawah ini" pilih all klik gambar pie chart pilih salah

satu &misal MFP pie chart-akan muncul gambar dibawah ini & untuk melihat

fungsi berapa persentase masing2 akti%itas dari suatu gen -


29/36

Untu !)ncari .ata *u!an $)n!)

4e web http'66www.mirbase.org6 klik browse humanhomo sapiens

kan muncul kode mi,! #ang akan dimasukkan ke web diana

http'66diana.imis.athena3inno%ation.grsoftware 1arBasemasukin code

accession &M///- dari mi,base
http://diana.imis.athena-innovation.gr/http://diana.imis.athena-innovation.gr/


30/36

kan muncul hasil sbb &untuk m engetahui target mi,! atau gen tsb ditarget

oleh mi,! apa a+a" pathwa# mi,!n#a-

@en : ditarhttp'66diana.imis.athena3inno%ation.grsoftware micro19CD0

masukkan gen #ang diinginkan pilih salah satu muncul tampilan

?nterpretasi ' gen p)( dihambat oleh mi,! ** dll.


31/36

@en : ditarhttp'66diana.imis.athena3inno%ation.grsoftware mi,Pathketik

mi,! di add mi,! ,un e/ample pilih salah satu pen#akit atau pathwa#

#ang diinginkan

$asil #ang didapatkan


32/36

M)rancan$ va"in

Buka web http'66tools.iedb.org6main6pilih Bcell 1ools

Buka ncbi buat cari nukleotida untuk %aksin #ang akan dirancang pilih protein
http://tools.iedb.org/main/http://tools.iedb.org/main/


33/36

Pilih salah satu pilih F01

Cop# F01 dari ncbi ke web pilih prediction of linear epitope from protein

sequence


34/36

Pilih salah satu metode submit

5akukan langkah dari awal dengan metode #ang berbeda & antigenecit#-

4uning & dapat di+adikan

epitope untuk %aksin -


35/36

$asil #ang didapatkan &Bandingkan hasil kedua gambar &ambil bagian kuning

#ang o%erlap-

5ihat keterangan #ang o%erlap berada pada basepair ke brapa


36/36

Misalkan #ang dipilih adalah #ang berada pada base pair di kotak lakukan

blast &ncbi- untuk identikasi kesamaan dengan protein self

tutorial bioinformatika

Documents